علامه گاهی که مجلس را مناسب می دید و احساس می کرد حاضرین آن جلسه که معمولاً از شاگردان خواصش بودند و قدرت و توانایی درک مسائل غیبی را دارند برخی از جریانات و به اصطلاح مکاشفات خود را با عفت خاصی که از ویژگی های برجسته او بود، بازگو می کرد. شهید مطهری هم به این واقعیت اشاره کرده و خاطر نشان ساخته که علامه طباطبایی مسائل غیبی را که مشاهده آن برای افراد عادی دشوار است می دیده اند.

علامه حسن زاده آملی در این باره می نویسد: علامه طباطبایی در مسیر عرفان عملی دارای چشم برزخی بودند و افراد را به صورت ملکوتیشان می دیدند و برای بنده بارها پیش آمد و در محضر علامه طباطبایی شواهدی دراین باره [چشم برزخی] دارم… بنده وقتی به خدمت آیت الله محمد تقی آملی(ره) تشرف حاصل کردم… ایشان فرمودند که ما وق تی در نجف بودیم در همان وقت، آقای طباطبایی، دارای مکاشفات عجیب و شگفتی بود.

علامه طباطبایی در زمینه مکاشفات خود حکایت می کند که: «… من در نجف که بودم، هزینه زندگی ام از تبریز می رسید، دو سه ماه تأخیر اف تاد و هر چه پس انداز داشتم خرج کردم و کارم به استیصال کشید. روزی در منزل نشسته بودم و کتابم روی میز بود، مطالب هم خیلی باریک و حساس بود، دقیق شده بودم در درک این مطالب، ناگهان فکر رزق و روزی و مخارج زندگی افکار مرا پاره کرد و با خود گف تم تا کی می توانی بدون پول زندگی کنی؟ به محض اینکه مطلب علمی کنار رف ته و این فکر [تهیه رزق و روزی] به نظرم رسید، شنیدم که، کسی محکم در خانه را می کوبد، بلند شدم رفتم، در را باز کردم و با مردی مواجه شدم، که دارای محاسن حنایی و قد بلند و دستاری بر سر بسته بود که، نه شبیه عمامه بود و نه شبیه مولوی، دستار خاصی بود، با فرم مخصوص به محض اینکه در باز شد، ایشان به من سلام کرد و گف تم: علیکم السلام. گفت: من شاه حسین ولیّ هستم، و خدای تبارک و تعالی می فرماید: در این هجده سال (منظور از سالی که معمم شدم و به لباس خدمتگزاری دین درآمدم) کی تو را گرسنه گذاشتم که، درس و مطالعه را رها کردی و به فکر روزی اف تادی، خداحافظ شما!

من هم در را بستم و آمدم، پشت میز مطالعه، آن وقت تازه سرم را از روی دستم برداشتم، و یک دفعه سؤالی برای من پیش آمد و اینکه آیا من با پاهایم رف تم دم در و برگشتم؟! اگر اینجور بود، پس چرا الآن سرم را از روی دستم برداشتم؟! و یا خواب بودم، ولی اطمینان داشتم که، خواب نبودم، بیدار بودم. معلوم شد که، یک «حالت کشفی» برای من رخ داده بود